◇芙蓉篇
┗ロボットの「からくり家政婦」がクーデターを起こし、銀時と源外が戦いを挑む。
┗マンガ 第百四十～百四十六訓（17巻）
┗アニメ 第69～71話（3話）
◇真選組動乱篇
┗真選組の参謀である伊東鴨太郎が裏切りを行い、鬼兵隊と手を組もうとする。
┗マンガ 第百五十八～百六十八訓（19～20巻）
┗アニメ 第101～105話（5話）
◇夏休み特別篇
┗竜宮城の乙姫の野望により江戸が攻撃を受ける。
┗マンガ 第百七十四～百八十二訓（20～21巻）
┗アニメ 第115～118話（4話）
◇モンハン篇
┗「モンハン」とは「モンキーハンター」の事を指し、ゲーマー星人とパソコンの中で戦いになる。
┗マンガ 第百八十七～百九十二訓（22巻）
┗アニメ 第121～123話（3話）
◇幽霊旅館篇
┗幽霊旅館でスタンド使いと銀時が戦う。
┗マンガ 第百九十六～二百一訓（23巻）
┗アニメ 第131～134話（4話）
◇文通篇
┗手紙入りの瓶が海辺で発見した銀時が、その差出人の女の子と文通する。
┗マンガ 第二百三～二百六訓（24巻）
┗アニメ 第126～128話（3話）
◇吉原炎上篇
┗吉原が舞台となり、陰謀から開放するために銀時を始めとする万事屋が戦う。
┗マンガ 第二百十～二百二十八訓（25～26巻）
┗アニメ 第139～146話（8話）
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